目前，我国主要推行集中无害化处置方式处理医疗垃圾，对医疗垃圾的管理和处理方式与世界各国相比存在较大差距。农工党中央提案建议，明确各部门职责，加强部门间合作与监督；增加投资力度，建立医疗废物处理中心；借鉴国内外先进技术向非焚烧技术转变，严格执行处理标准。
农工党中央提案建议，由卫生防疫行政部门负责医疗垃圾产生的管理工作，由环卫部门负责医疗垃圾的贮存、运输、处置过程的管理工作，由环保部门负责全过程的监督工作，定期抽查、检查等。
同时，增加投资力度，高标准建立一批医疗废物处理中心，逐步完善医疗垃圾的运输、处理体系，对医疗垃圾实行统一收集和完全密封性运输及无害化处理，兼顾农村地区医疗垃圾乱堆乱放问题。地方政府应通过制定优惠政策鼓励吸引多种形式资金，积极实施医疗废物处理设施的企业化经营和社会化管理。
在完善医疗垃圾处理的登记制度和收费制度方面，农工党中央提案建议，卫生防疫部门做好各医疗垃圾产生者的登记工作，包括私人诊所、乡村医院等；由环保部门做好医疗垃圾处置企业的申报登记工作，而医疗垃圾的暂时贮存则由医院的专门部门做好每天的登记工作。
此外，提案建议，医疗垃圾收费应当有一个明确、统一的标准。可采取按床位计费为主、按重量计费为辅的方式收取医疗垃圾处理费用。